L'originaria chiesa di santa Maria risale alla fine del X secolo. Fu poi trasformata in cimitero, che si trova oggi al di sotto dell'attuale pavimentazione del santuario.
Nel 1356 Pietro IV di Giordano Colonna affidò la parrocchia ai religiosi eremitani di Sant'Agostino i quali avevano fin dal 1278 il monastero di San Francesco fuori le mura del paese che, abbandonato, crollerà nel XVI secolo.
Sopra la chiesa si iniziò la costruzione di una seconda chiesa rivolta ad ovest su "via di Palazzo" (ora Corso Vannutelli) dove erano sorti i palazzi dei nobili cortigiani.
L'apparizione dell'immagine miracolata di Maria, venerata con il titolo di Buon Consiglio, segnò un momento fondamentale per la storia della chiesa: la tradizione vuole che l'immagine si sia staccata da una chiesa di Scutari in Albania, all'arrivo dei musulmani, e abbia raggiunto la chiesa di Genazzano accompagnata da una schiera di angeli durante il vespro del 25 aprile 1467.
L'immagine sacra andò a posarsi su un muro della chiesa che in quel tempo la Beata Petruccia, vedova e terziaria agostiniana vissuta nella seconda metà del 400, aveva iniziato a costruire fra mille difficoltà e che venne concluso in poco tempo grazie alle elemosine dei pellegrini. Da quel momento la piccola chiesa divenne santuario.

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