I lavori di costruzione del convento dei Padri Cappuccini e dell'annessa chiesa dedicata a San Francesco d'Assisi iniziarono nel 1575.
La consacrazione avvenne il 21 ottobre del 1579 ed alla fine del XVIII secolo si provvide a raddoppiare il convento.
Nel 1873, con l'entrata in vigore della legge eversiva dei beni ecclesiastici anche nell'ex-Stato Pontificio, la struttura venne messa all'asta dallo Stato italiano e nel 1876 fu acquistata dai frati. Nel Convento, in onore del cardinale Guglielmo Massaia, che qui fu sepolto dopo avervi trascorso i suoi ultimi anni di vita, nel 1909, fu aperto il Museo Etiopico. Data la sua rilevante importanza per l'ordine il Convento di Frascati è sede, dal 1911, di un Collegio Internazionale.

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